继第二部结尾伯恩跳入纽约东河失踪十年后，一则监控视频引爆全球：伯恩在莫斯科地铁站徒手格杀了三名CIA特工。但CIA法医对比发现，死者的指纹、虹膜甚至DNA都指向伯恩，而被抓拍的“伯恩”本人的生物特征却指向一名2015年已确认死亡的“黑蔷薇”计划特工。新任CIA局长重启“绊脚石”档案，怀疑真正的伯恩已经在十年前死亡，而现在的“伯恩”是俄罗斯某机构利用伯恩的备份记忆和基因编辑技术制造的“复制品”。但随着女分析员海瑟的深入调查，一个更骇人的真相浮出水面：当年伯恩在纽约并没有死，而是被一个秘密的“特工养老院”组织救下，他自愿接受了全套生物特征替换手术，目的就是假扮成其他已故特工，去猎杀那些仍在执行非法暗杀任务的CIA现任特工。
时隔多年的续作没有砸招牌，动作设计从当年的近身格斗升级到了“生物特征伪装战”。伯恩全程没有一句废话，用行动证明“身份可以被替换，但本能不会”。最后在红场上的对峙，把系列“体制与个人”的母题推向新高度。
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